卫所制败坏了，可国家总要有人卖命，所以明朝就开始实行募兵制，不是说重赏之下必有勇夫吗？可问题又来了，军队内部上上下下吃空额、克扣军饷，当兵的被欠薪，哪还有什么战斗积极性？
可朱祐樘知道，卫所制度毕竟存在了一百多年，轻易是取消不得的，既要解决问题，又不能出乱子。所以朱祐樘登基后，严查军队土地侵占事件，清退被侵占土地，法办一批腐败干部，并严格做好军饷的清查工作。马文升更是制定了严格的军事训练和武器制造的准则规范，并在全国推广实行。但这些都属于整顿工作。为了防微杜渐，朱祐樘还做了两件事。
首先是军屯改革。清理被侵占土地，整顿军屯，这些都是必要的。但问题又来了，许多土地找回来了，可原来种地的士兵早就跑光了。何况，既要打仗又要种地，这也无法保证军队战斗力。所以按照马文升的意见，清查出来的原属军队的土地，一律招募无地百姓耕种，每年向军队交粮，军队则专职负责打仗。这样一来，既解决土地问题，又保证部队战斗力，国家也节省了开支，可谓皆大欢喜。